[Ingeniería Genética] Programa y régimen

INGENIERÍA GENÉTICA - 2009

PROGRAMA ANALÍTICO

PRIMERA PARTE

Unidad 1
Metodología del DNA recombinante. Objetivos generales del uso de estas metodologías. Panorama general de las estrategias más comunes utilizadas en ingeniería genética.

Unidad 2
Enzimas utilizadas en el clonado molecular. Enzimas de restricción y enzimas metilantes. DNA polimerasas. RNA polimerasa-DNA dependiente. Ligasas, quinasas, fosfatasas. Proteínas de unión a DNA.

Unidad 3
Características esenciales de los plásmidos. Los plásmidos como vectores de clonado. Desarrollo de nuevos plásmidos. Plásmidos comúnmente usados.

Unidad 4
Manipulación de DNA plasmídico. Extracción y purificación de plásmidos. Preparación en pequeña escala (miniprep). Preparación en gran escala (maxiprep).

Unidad 5
Electroforesis de ácidos nucleicos. Electroforesis en geles de agarosa. Electroforesis en geles de poliacrilamida. Electroforesis en condiciones nativas y en condiciones desnaturalizantes. Purificación de ácidos nucleicos a partir de geles de agarosa.

Unidad 6
Estrategias de clonado en plásmidos. Estrategias de ligación. Defosforilación de DNA plasmídico linearizado. Reacciones de ligación.

Unidad 7
Metodologías para la introducción de DNA plasmídico en hospedadores adecuados. Preparación y transformación de Escherichia coli competentes. Electroporación.


Unidad 8
Identificación de colonias bacterianas que contienen plásmidos recombinantes. Análisis de restricción. Análisis por alfa-complementación. Inactivación insercional. Búsqueda por hibridación.

Unidad 9
Preparación de bibliotecas de clones. Extracción, purificación y análisis de DNA genómico. Construcción y análisis de bibliotecas de DNA genómico. Southern Blot. Proyectos genoma.

Unidad 10
Metodologías para la preparación de sondas de ácidos nucleicos. Técnicas basadas en el uso de isótopos radiactivos y técnicas basadas en reacciones colorimétricas o de luminiscencia (métodos no radiactivos). Sondas oligonucleotídicas sintéticas.

Unidad 11
Metodologías para el rastreo y detección de recombinantes en bibliotecas de clones. Uso de anticuerpos y sondas de ácidos nucleicos. Colony Blot, Dot Blot. Secuenciamiento de ácidos nucleicos.

Unidad 12
Metodologías para la caracterización transcripcional de genes. Estudios de regiones promotoras. Caracterización de extremos de los mRNA. Detección de mRNAs mediante Northern Blot. Caracterización de proteínas de unión a ácidos nucleicos.

Unidad 13
Características esenciales de los bacteriofagos. Fagos con genoma de DNA de doble cadena como vectores de clonado. Bacteriófago lambda. Hospedadores bacterianos. Crecimiento, purificación y extracción de DNA. Clonado en lambda. Identificación y análisis de recombinantes.

Unidad 14
Características esenciales de los cósmidos. Cósmidos como vectores de clonado. Clonado en cósmidos. Construcción de bibliotecas de DNA genómico en cósmidos, fósmidos, PACs y BACs. Amplificación y almacenamiento de las bibliotecas.

Unidad 15
Fagos filamentosos: M13. Propagación del bacteriófago M13 y preparación de DNA. Clonado de M13 y infección de E. coli competentes. Identificación y análisis de recombinantes. Clonado en phagemids.
SEGUNDA PARTE

Unidad 16
Amplificación in vitro de DNA por PCR. Diseño de oligonucleótidos para actuar como primers. Optimización de una reacción de PCR. Variantes técnicas de la PCR.

Unidad 17
Mutagénesis in vitro. Generación de moléculas quiméricas por PCR. Mutagénesis de sitio dirigida mediante PCR. Mutagénesis al azar mediante PCR. Generación de bibliotecas de mutantes para un gen.

Unidad 18
Mutagénesis genómica. Estudio de la función génica mediante generación de Knock outs. Búsqueda de genes mediante mutagénesis genómica. Utilización de transposones.

Unidad 19
Reacciones de transcripción reversa para la generación de cDNA. Análisis de mRNAs mediante reacciones de RT-PCR. Bibliotecas transcriptómicas.

Unidad 20
Metodologías de tipificación y diagnóstico. Técnicas basadas en RFLP. Técnicas basadas en hibridación. Técnicas basadas en PCR. Multiplex PCR. AFLP. Análisis filiatorios.

Unidad 21
Mapeo genómico. Técnicas basadas en genética clásica. FISH. Generación de paneles de células híbridas.

Unidad 22
Vectores de expresión. Expresión de genes clonados en E. coli. Detección y análisis de proteínas expresadas a partir de genes clonados. Optimización de la expresión de proteínas recombinantes.

Unidad 23
Características de las inteínas. Utilización de inteínas para la expresión de proteínas. Desarrollo de plásmidos de expresión conteniendo secuencias que codifican para inteínas.

Unidad 24
Metodologías actualizadas para la búsqueda de genes específicos en bibliotecas de genomas complejos. Microarrays. Proteomics. Nuevos sistemas de clonado.

Bibliografía

• Molecular Cloning, a laboratory manual. Volume I – II. 2nd edition. J. Sambrook; E.F. Fritsch and T. Maniatis.1989. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, USA.
• Recombinant DNA. 2nd edition. J.D. Watson; M. Gilman; J. Witkowski and M. Zoller. 1992. Scientific American Books. W.H. Freeman and Company. New York. USA.
• Molecular genetics of Bacteria. Larry Snyder and Wendy Champness. 1997. American Society for Microbiology. Washimgton DC. USA.
• Genome Analysis. A laboratory manual. Volume 3. Cloning systems. 1999. Cold Spring Harbor Laboratory Press. USA.
• Mapping Genomics. A laboratory manual. Volume 4. Cloning systems. 1999. Cold Spring Harbor Laboratory Press. USA.
• Molecular Biotechnology. Principles and Applications of Recombinant DNA. 3rd edition. 2003. B.R. Glick and J.J. Pasternak. ASM Press. Washington, USA.
• Plasmid Biology. 2004. Barbara E. Funnell and Gregory J. Phillips. American Society for Microbiology. Washimgton DC. USA.
• Plasmids, a practical approach. 1987. K.G. Hardy. IRL Press Limited. Oxford. England.
• Basic methods in molecular biology. 2nd edition. L. Davis. M. Kuehl. J Battey. Appleton & Lange, Norwalk. Connecticut.
• DNA Sciencie: a first course in Recombinant DNA technology. 1990. D.A. Micklos and G.A. Freyer. Cold Spring Harbor Laboratory Press and Carolina Biological Supply Company. Cold Spring Harbor. USA.
• Recombinant DNA and Biotechnology. 2nd edition. 2001. ASM Press. Washington, USA.
• PCR Cloning protocols. Methods in Molecular Biology, vol. 57. 1997. B.A. White. Humana Press. Totowa, New Jersey, USA.
• Papers listados en: “Seminarios”.

Régimen de la materia

La asignatura Ingeniería Genética estará dividida en clases teóricas, seminarios de publicaciones científicas, jornadas de resolución de situaciones problemáticas y trabajos prácticos de laboratorio. Tendrá dos exámenes parciales, una jornada de recuperación con una oportunidad por parcial desaprobado (al final del cuatrimestre), y un coloquio (en caso de promocionar la materia) o un integrador para aquellos que aprobaron las instancias anteriores con una calificación comprendida entre 4 y 7.
Durante la primera etapa se dictarán el mayor número de clases teóricas que constituirá la base para poder realizar los ensayos de laboratorio, los cuales se concentrarán en la segunda mitad del cuatrimestre.
En las jornadas de Seminarios, cada alumno deberá exponer trabajos científicos publicados en revistas científicas, cuya temática estará relacionada a los temas en discusión. Tal exposición será evaluada y su nota promediada en la calificación final.
Las clases teóricas se complementarán con jornadas de resolución de situaciones problemáticas, con problemas similares en formato y resolución a aquellos que aparecerán en los exámenes de la asignatura.
Como trabajos prácticos de laboratorio se realizarán una serie de mini-proyectos cuya resolución dependerá de la utilización de herramientas de Ingeniería Genética, los cuales serán asignados a grupos de no más de 5 personas, y se desarrollarán a lo largo de todo el cuatrimestre. Finalizado tal período, no importando cuales hayan sido los resultados obtenidos, se deberá presentar un informe final en formato Paper (Abstract, Introducción, Materiales y Métodos, Resultados, Discusión) y una exposición del trabajo realizado. El mismo será excluyente para la aprobación de la cursada.
Además, al comenzar cada jornada de laboratorio se tomará un pequeño examen (parcialito) relacionado con la temática experimental a desarrollar, el cual será evaluado y promediado en la nota final. Cabe mencionar que en el promedio de esta serie de notas se tendrá en cuenta el porcentaje de presentismo del alumno.
Para promocionar la asignatura Ingeniería Genética el alumno deberá aprobar los exámenes parciales con una calificación mínima de 6/10 puntos siendo el promedio de los dos exámenes mayor o igual a 7/10 puntos para acceder al coloquio. Deberá además obtener un promedio mayor o igual a 7/10 puntos en los parcialitos de laboratorio (siguiendo el mismo criterio anterior). La entrega en tiempo y forma de los informes de laboratorio es una condición indispensable para la aprobación y promoción de la asignatura.
Para aprobar la asignatura Ingeniería Genética, el alumno deberá tener un mínimo de 4/10 puntos en cada instancia de evaluación (exámenes parciales, seminario, parcialitos de laboratorio, informe de laboratorio, integrador).

Turno mañana: http://mbelaich.blog.unq.edu.ar

Turno tarde: http://mbilen.blog.unq.edu.ar

Nanu...no se si ya te lo dije. SOS LA MEJOR. (voy a guardar la info para cuando la vaya a cursar)

Muy completo! Gracias Totales!

Hola gente, como va? alguno tiene idea si esta materia es heavy heavy, ya que la estoy queriendo hacer el cuatri que viene con Bilen ( Mar/ Jue a la tarde) junto a Bioquimica I,

Gracias por la data gente !

La terminé de cursar con Belaich. La materia es hermosa y aprendes muchisimo. Al principio me volví loca y parecía un montón, pero si la llevas al día y haces los ejercicios no es difícil. Si la cursas solamente con Bioquímica I no te va a costar...

No es recomendable cursarla con Bilen... da mucha menos teoría que Belaich. Y un dato si la cursas con Bilen: si dejas incisos sin hacer en el parcial, te resta puntos (Eso lo avisó después de corregir los parciales...)

Gracias por la data Nanuu !,
pero al final esta materia la tengo que dejar para mas adelante.. ya que antes, por lo que me dijeron, voy a tener que hacer Genetica Molecular.