[Bioinformática] Programa y Régimen

Lamentablemente no contamos con mucha información respecto de las materias que se dictan en la universidad, así que voy a empezar a postear la cosas que encontre.


Bioinformática
Programa 2009

Objetivos generales

• Desarrollar una cabal comprensión de la importancia de la bioinformática para el análisis e interpretación de información de origen biológico.
  
• Desarrollar las capacidades cognitivas y analíticas necesarias para utilizar adecuadamente las herramientas básicas de la bioinformática para indagar y resolver situaciones problema concretas.
  

Contenidos
Unidad 1
Bioinformática, consideraciones generales. Vías de acceso a la información según la problemática. Bases de datos: características, acceso y principales herramientas para la búsqueda y el análisis de genes. Los proyectos genoma y el problema del análisis e interpretación de secuencias nucleotídicas y aminoacídicas.

Unidad 2
Estrategias básicas para la búsqueda de similitud entre dos o más secuencias, nucleotídicas o aminoacídicas. Principales algoritmos: métodos basados en matrices de puntos (Dot Plot), métodos basados en un análisis global (Clustal), métodos basados en un análisis local (BLAST). Ensamble de secuencias derivadas de secuenciaciones automáticas (CONTIGS).

Unidad 3
Búsqueda de patrones y motivos en secuencias nucleotídicas y aminoacídicas. Principales algoritmos. Bases de datos de motivos (PROSITE, Pfam, etc.). Análisis basado en perfiles de búsqueda. Estimaciones probabilísticas y validez de los resultados. Una aproximación a la predicción de posibles funciones biológicas de una secuencia nucleotídica o aminoacídica.

Unidad 4
La teoría de la información: conceptos básicos. La teoría de la información y el análisis de secuencias. Complejidad informativa (entropía) global y local. Análisis de secuencias basado en aspectos informativos. Herramientas para el análisis individual y múltiple. Aplicaciones prácticas: logos de secuencias, diseño de primers basado en complejidad informativa.

Unidad 5
Análisis de secuencias basado en aspectos composicionales. Abundancia relativa de oligonucleótidos cortos (GENOMIC SIGNATURE). Frecuencias nucleotídicas y aminoacídicas. Uso de codones.

Unidad 6
La filogenia basada en secuencias nucleotídicas o aminoacídicas. El problema del análisis filogenético basado en segmentos de secuencias. PHYLIP (Phylogeny Inference Package), criterios para el análisis e interpretación de resultados. La filogenia y el criterio de TOTAL EVIDENCE. El problema de la transferencia horizontal y la recombinación. T-REX, SIMPLOT y otros.

Unidad 7
La predicción de estructuras secundarias en ácidos nucleicos. Principales criterios y algoritmos (FOLD, MULFOLD, RNADraw, RNAStructure). La predicción de estructuras óptimas y subóptimas. Análisis comparativo de patrones de plegamiento entre las formas óptimas y subóptimas. Validez de los resultados.

Unidad 8
El análisis de secuencias y la predicción de estructuras secundarias en proteínas. Análisis y predicción de propiedades fisicoquímicas relacionadas con la estructura. Principales criterios y algoritmos (hidropatía, anfipaticidad, etc.). Estructuras secundarias (GOR IV, SCOP, CATH, Jpred 2). Validez de los resultados.

Unidad 9
Genómica funcional: proteomas, transcriptomas, regulomas. Generación de datos. Bases de datos y herramientas de análisis.


Bibliografía principal

• Sequence analysis primer. M. Gribskov and J. Deveraux. 1991. UWBC Biotechnical Resource Series. Stockton Press. New York. USA.
  
• Molecular evolution: Computer analysis of protein and nucleic acid sequences. R. F. Doolittle. 1990. Methods in Enzymology, volume 183. Academic Press.California. USA.
  
• Computer Methods for Macromolecular Sequence Analysis. R. F. Doolittle. 1996. Methods in Enzymology, volume 266. Academic Press. California. USA.
  
• Bioinformatics. Methods and Protocols. S. Misener and S.A. Krawetz. 1999. Humana Press. New Jersey. USA.
  
• Computational Methods in Molecular Biology. Salzberg S.L., Searls D.B. and Kasif S. 1998. Elsevier Science. USA.
  
• Theoretical and Computational Methods in Genome Research. Suhai. 1998. Kluwer Academic Publishers. USA.
  
• Apuntes de la asignatura.
  

Regimen de la Asignatura

A partir de situaciones problema concretas, presentadas por los docentes, esta asignatura se desarrollará principalmente mediante seminarios teóricos y de discusión, con la activa participación de los estudiantes, el uso de las herramientas informáticas básicas, tanto en forma local como remota (INTERNET), y la exposición y discusión de papers seleccionados.
Desde el punto de vista de la evaluación, en esta asignatura se considera un aspecto muy importante la activa participación en todas las instancias de la misma.
Además:
- Habrá dos exámenes, uno escrito y uno en computadora, que se aprobarán con una nota mínima de 5 (cinco) puntos.
- La asignatura se podrá promocionar alcanzando un mínimo de 8 (ocho) puntos, considerando todas las instancias de evaluación.
- Las exposiciones de papers serán evaluadas conceptualmente.
- Al término del curso deberá presentarse un trabajo final, sobre un tema asignado por los docentes, desarrollado en formato paper (Título, Introducción, Materiales y Métodos, Resultados, Discusión y Bibliografía). Este informe debe presentarse en la fecha indicada en el Cronograma.

Mases para Nanu!
Ya que me quedan pocas materias para empezar con estas (o las que fueren) está bueno saber de qué se tratan

Que materias hay que tener para poder hacer bioinformatica?

Según tengo entendido, tenes que haber cursado Ingeniería genética para hacer bioinformática.